同志社大学の国内外での学術調査研究によって収集した多数の考古・民俗史料、古文書など110万点にのぼる歴史資料を保存・展示している。今出川キャンパスと周辺は室町幕府の「花の御所」や江戸時代の公家屋敷があった地域にあたる。また、京田辺キャンパスには弥生時代の田辺天神山遺跡や中世の豪族の居館跡が点在する。こうした貴重な歴史資料を今出川校地の分館と併せ保存、公開して教育研究に活用している。